民國二十四年（1935年），為第三區公署，屬后外納鄉。

民國三十年（1941年），為五庫鄉。

1949年12月，屬透防區。

1950年7月，改為佛殿鄉，增設鬧院鄉。

1952年7月，佛殿、鬧院鄉劃歸坪頭區。

1953年，增設中院鄉，一并劃歸坪頭區。

1956年6月，佛殿、中院鄉并為五庫鄉。

1958年3月，鬧院鄉并入五庫鄉；同年10月，組建五庫公社；同年11月，月照公社并入。

1961年6月，分為月照、五庫公社。

1983年，五庫公社改為五庫鄉。

2018年，五庫鄉撤鄉設鎮，改為五庫鎮。