皇城（又名斡爾朵、皇城灘），元朝永昌王曾建避署宮于此，故名皇城。

清朝末期到民國時期系蒙古、回、藏族聚居區。

1929年設甘肅省畜牧公司。

1949年劃歸青海省門源縣轄，解放后，設皇城鄉人民政府，仍屬青海省轄。

1959年甘青邊界調整時劃歸肅南縣管轄，大河、康樂、馬蹄、八字墩、友愛等地的部分裕固族牧民搬遷至此，分別成立了皇城人民公社（肅南縣轄）和皇城農牧場（歸張掖專區）。

1962年人民公社改制皇城區（皇城農牧場撤銷）。

1967年易名為紅衛區。

1970年恢復原稱。

1971年10月劃歸永昌縣轄。

1972年復歸肅南縣，皇城區公署下轄馬營、北灘、東灘、泱翔、鏵尖五鄉。

2004年12月，隨著全縣行政區劃的調整，皇城撤區并鄉后，成立了皇城鎮。