夏、商屬雍州。

周孝王十三年（前872）建邑于秦，即在縣境。

周莊王九年（前688），秦武公伐邽戎，置邽縣。

漢武帝元鼎二年（前115），置清水縣。

漢明帝十七年（74），清水并入隴縣。

三國曹魏復置清水縣。

屬廣魏郡。

晉武帝泰始五年（269），清水縣屬秦州略陽郡。

隋文帝開寶三年（583）清水縣屬天水郡。

唐高祖武德四年（621）清水縣屬邽州。

宋神宗熙寧八年（1075），清水縣屬秦鳳璐鳳翔府秦州所轄，金泰總天會七年（1129），清水縣屬鳳翔路西寧州所轄。

元朝清水縣屬陜西行中書省鞏昌總帥府秦州所轄。

明朝清水縣屬山西布政使司鞏昌府秦州所轄。

清朝清水縣屬甘肅布政使司秦州直隸州所轄，1913年，清水縣屬渭川道（渭川行政公署）所轄。

1935年，屬甘肅省第四行政督察專員公署所轄。

1949年屬陜甘寧邊區政府天水分區所轄。

1949年10月，原甘肅省天水分區行政督察專員公署所轄。

1958年為清水回族自治縣。

1961年恢復清水縣。

1969年屬天水地區革命委員會所轄。

1978年屬天水地區行政公署所轄。

1985年屬天水市所轄至今。