1958年4月，樊家廟村隸屬于樊家廟鄉。

1958年9月，樊家廟、肖原、城關三個鄉合建為慶豐公社，樊家廟村改稱樊家廟大隊隸屬于慶豐公社。

1961年5月，增設玄馬人民公社管委會。

1962年2月，增設賈橋人民公社管委會。

1965年2月，賈橋、玄馬兩公社合并為玄馬公社，樊家廟大隊隸屬于玄馬公社。

1968年3月，成立玄馬人民公社革委會，樊家廟大隊隸屬關系未變。

1980年6月，玄馬人民公社革委會改名為玄馬人民公社管委會，樊家廟大隊隸屬于玄馬人民公社管委會。

1983年12月，玄馬人民公社管委會改為玄馬鄉人民政府，樊家廟大隊改稱樊廟村民委員會。

2003年1月，撤鄉建鎮，改稱玄馬鎮人民政府樊廟村民委員會至今。