兩漢、北朝北魏、西魏時期，昌寧鎮境域屬宣威縣。

北朝北周至隋時，屬姑臧縣。

唐時，屬明威府。

元時，永昌路。

明時，屬鎮番衛。

清時，屬鎮番縣。

清乾隆二十七年(1762年），開墾。

民國二十三年（1934年），屬第一區，為昌寧鄉。

民國二十五年（1934年），屬第一區，為東西昌寧聯保。

民國三十六年（1947年），屬大壩鄉。

1950年1月，屬第八區，為第八鄉。

1953年12月，屬第二區，為昌寧鄉。

1956年9月，仍為昌寧鄉。

1958年10月，成立昌寧公社。

1960年7月，并入“八一“農場，為八分場。

1961年3月，從“八一“農場劃歸民勤縣，仍為昌寧公社。

1983年4月，設昌寧鄉。

2015年，撤鄉，設昌寧鎮。