瑪曲古稱羌區析支河流域。

《后漢書》記載：西周穆王時，西征犬戎獲其五王，又獲四白鹿。

《安多政教史》、《西藏王統記》亦稱：占據高原三峰者藏族六大姓之一，以白鹿為圖騰的董氏（黨項羌）印迷所屬瑪柯（河曲）部繁衍于此。

春秋戰國時，董氏后裔已發展成許多部落。

秦時仍屬董氏控制。

漢時，嶺王國天子（自稱）屬地，按姓氏仍屬董，按地區屬滇零之“鐘存部”。

三國時，河曲之地屬迷唐羌分支和夷之地。

晉、南北朝時，黃河首曲屬黨項彌藥地區。

隋時大部屬河源郡。

唐時為吐蕃將軍悉參（節度使）多彌衛（衛府設在河曲）屬同恰（州）九州六部之一的瑪柯董氏（黨項遺部）。

宋時屬吐蕃諸部脫思麻（多彌）地區。

元時為吐蕃等處宣慰司之脫思麻路，此地仍稱嶺地。

明朝時，除卓格尼瑪屬陜西都司洮州衛外，其余嶺地均屬朵甘都司贊善王分地的巴西諸部。

清時屬蒙古厄魯特部。

清雍正元年（1723）發生“羅卜藏丹津叛清事件”后，屬清朝欽差辦理青海蒙古番子事務大臣管轄。

清乾隆四十二年（1777）夏河拉卜楞寺院在河曲組成第一個流官制部落--歐拉部落。

清光緒二十四年（1898）河曲南北盡歸拉卜楞寺管轄。

1928年屬甘肅省夏河縣，但其政令唯有通過拉卜楞寺院才能在河曲各部施行。

1949年9月18日，夏河縣解放以后，為夏河縣第七區。

1953年3月中共歐拉工委、歐拉行政工作組正式進入黃河第一彎開展工作，是年9月改為瑪曲工委和瑪曲行政委員會。

1955年6月，經甘肅省人民委員會批準建縣。

因瑪曲地臨黃河，而黃河藏語稱“瑪曲”而得名，隸屬甘南藏族自治州。

1959年1月1日，瑪曲、碌曲合并，稱洮江縣；1962年1月1日，撤銷洮江縣，恢復瑪曲、碌曲兩縣建置。