唐宋時代屬漳浦縣安仁鄉含恩里。

明清時代屬十五都。

清代編為金泥、錢塘2保。

金泥即深土，金泥保轄沿海一帶，錢塘即塘頭，錢塘保轄塘頭以上至灶山下一帶。

乾隆三十二年（1767年）在2保之間社墟市，取二保保名各一字，名為金塘墟。

“金塘”逐成為總地名。

1940年設金塘、東宗2鄉，金塘鄉轄月嶼、亭里、后雄、保安（以上今屬赤湖鎮）、前雄、塘邊、墩東、墩西、大肖、南境、塘頭、龍店12保，東宗鄉由東庵、八宗2聯保合并而成，轄深土、東庵、后戴、西丹、庵下吳、雄霞、竹嶼7保，民國33年東宗鄉合并于金塘鄉，所轄19保合并為墩柄、大肖、塘頭、南境、大店、龍霞、保安、車敖、東庵、西陂、林前、錦東、深土、埭頭、竹嶼15保。

新中國成立后撤銷金塘鄉，將其原來轄域劃屬第六區（赤湖區），1951年8月增設第九區，區公所設在深土自然村，其轄域包括今深土、六鰲2鎮。

1955年12月改名為深土區，1958年9月成立深土公社，下分設深土、大肖、車敖、六鰲4管理區。

1961年7月撤銷管理區，深土公社分為深土、車敖、六鰲3公社。

1964年9月，車敖公社合并于深土公社，共轄墩柄、大肖、東吳南境、院前、塘頭、深土、埭頭、大店、塔底、錦江、示埔、車敖、山邊、山尾、庵下吳、東庵、埭厝、東坪19個大隊。

1981年，深土公社駐地遷于山邊村，1981年8月深土公社改為深土鄉，所屬各大隊改為村，共19村，轄67社（自然村）。

1982年2月改為深土鎮并沿用至今。