古城村在古雷城內，古雷城始建于明正統六年（1441），明正德十年（1515）重修，為古雷巡檢司駐地，也稱“古雷社”。

清代古雷保，1916年古雷半島自港口以南與東山島，組合成立東山縣，1954年為古雷區城下鄉。

1955年11月，古雷區7鄉劃歸漳浦縣轄，1958年9月屬杜潯公社古雷管理區城下大隊，1961年7月成立古雷公社，城下大隊分為城內、下垵2大隊，1981年11月，為區別于同名的湖西公社城內大隊、舊鎮公社城內大隊，經批準更名為古城大隊。

1984年9月，撤社建鄉屬古雷鄉（鎮）古城村，自命名起沿用至今。