1949年前屬吳乾保，1949年至1952年屬奧杳村人民政府管轄，1953年至1957年屬奧杳鄉人民政府管轄，1958年至1961年設奧杳管理區，1961年5月設四個大隊為吳屋大隊，1965年冬又拼為奧杳大隊，1968年冬至1978年冬設奧杳大隊革命領導小組，1977年又分為四個大隊為吳屋大隊，因原有大隊部建有學校一所，大隊部設在學校旁，而取名為新學大隊，1984年8月建鄉稱為湖坑鄉吳屋村民委員會。

1993年撤鄉設鎮后，改稱為湖坑鎮吳屋村民委員會至今。