1943年，屬莆田縣南日鄉五嶼保；中華人民共和國成立后，屬莆田縣十三區五嶼保、五嶼鄉，二十四區五嶼鄉，南日鄉五嶼鄉；1958年，改為莆田縣南日人民公社五嶼鄉；1961年，改為莆田縣南日人民公社雙島大隊；1968年，改為莆田縣南日人民公社赤山大隊；1984年，改為莆田縣南日鄉赤山村；1993年屬莆田縣南日鎮；赤山村第一批于2015年10月份、第二批2016年10月份搬遷至南日鎮三墩村草湖。

2002年2月，屬秀嶼區南日鎮赤山村。