清乾隆四十年（1775）屬馬巷廳。

1940年屬馬巷鎮。

1955年屬馬巷區，分巷西、巷南、巷東3鄉，1958年10月屬馬巷公社。

1961年屬馬巷、巷西、巷南、巷東4公社和馬巷農場。

1982年屬馬巷鎮；1984年9月屬后濱鄉。

2021年1月6日撤銷馬巷鎮設立馬巷街道（閩政文〔2021〕3號），同年3月1日市政府同意將新店、馬巷兩個街道析置為新店、鳳翔、金海、香山、馬巷、民安六個街道。

馬巷街道下轄五美、友民、三鄉、后亭、五星、桐梓、后濱、曾林、后許、沈井、黎安、舫陽、舫星、濱安、鄭坂、西坂、市頭、朱坑18個社區，街道辦事處駐后濱社區（廈府〔2021〕44號）。