原屬古田縣境。

清雍正十三年（1735年）屏南建縣后，屬屏南縣三都和五都。

1914年，屬南一區。

1936年，屬第一區，區公署駐棠口。

1940年，撤區設12個鄉鎮，設棠口鎮。

1943年，全縣設8個鄉鎮，屬棠漈鄉。

1949年中華人民共和國成立后，屬第一區，區公所駐棠口。

1950年12月，屬第三區，區公所駐棠口。

1956年7月，設棠口區，區公所駐棠口。

1958年5月，全縣撤區改設4個指導小組。

1958年9月，棠口指導組更名先鋒公社，1959年5月更名為棠口公社。

1961年8月，全縣劃10個公社，設棠口公社。

1984年9月，撤人民公社建制，成立鄉人民政府，改生產大隊為村民委員會，其轄區稱行政村，改生產小隊為村民小組。

2018年1月10日，根據福建省人民政府做出關于屏南縣棠口鄉撤鄉設鎮的批復（閩政文〔2018〕8號）文件，屏南縣撤銷棠口鄉，設立棠口鎮。