五代十國時期，后梁開平三年(909年)，王審知稱閩王，911年，改元乾化，北宋，太平興國三年(978年)，復以福州為威武軍，閩清屬之。

南宋，景炎元年(1276年)，升福州為福安府，閩清屬之。

元，至元十五年(1278年)，元兵侵入福州后，初設福建中書省，尋廢，改福安府為福州路，閩清均屬之。

至正二十六年(1366年)，閩清屬福建行省福州路。

明，洪武元年(1368年)，福州路改為福州府，閩清屬之。

1912年，廢府留道，閩清屬東路道(后改閩海道)。

1925年，道廢，閩清為福建省直轄縣。

民國初期區劃沿襲清制。

受辛亥革命影響，在縣內劃分為自治區1933年11月，國民革命軍第十九路軍發動福建事變，在福州成立中華共和國人民革命政府，福建劃為4個省2個特別市，閩清屬閩海省。

翌年1月事變失敗，閩清再度為省直轄縣。

7月，全省設10個行政督察區，閩清屬第三行政督察區。

1935年，全省改劃7個行政督察區、1個市，閩清屬第二行政督察區；1943年9月，全省調整為8個行政督察區、2個市，閩清屬第一行政督察區；1946年1月，全省劃9個行政督察區、2個市，閩清仍屬第一行政督察區；1947年4月，全省調整為7個行政督察區，閩清三度為省直轄縣，閩清等8縣和福州、廈門兩市為省政府直轄。

1945年9月，國民政府對鄉鎮保甲進行復查整理，正式宣布撤銷區署建制，至翌年初編查結束，1949年9月，閩清隸福建省人民政府第四行政督察專員公署，駐地林森縣1956年3月26日，閩侯專區撤銷，閩清劃屬南平專區；1959年8月閩侯專區恢復，閩清重新劃入；1970年2月17日，閩侯專區革委會機關由閩侯螺洲遷莆田城廂，1971年4月13日，閩侯專區再次撤銷，閩清劃歸莆田專區，同年6月1日改莆田專區為莆田地區，閩清縣隸屬莆田專區和莆田地區。

1983年7月，閩清歸到福州。

1984年實行政社分開，各公社分別改為鄉（鎮），共設3個鎮14個鄉，后增設云龍鄉，并陸續將7個鄉改鎮。

2000年，撤銷省璜鄉，設立省璜鎮。

2004年7月28日，撤銷閩清縣后佳鄉、佳頭鄉并入上蓮鄉。