南嶼鎮位于閩侯縣南部，旗山東麓，大樟溪西畔，東隔樟溪與南通鄉相望，東北與福州市南臺島相對，西南與永泰縣葛嶺塘前鄉接壤，北連上街鎮，面積170.5平方公里。下轄23個行政村、1個居民委員會，2000年計有16205戶，56305人。鎮政府駐地南旗村。

因錦溪橫貫境內，南畔為南嶼而得名，北岸為北嶼（亦稱水西）。宋時分屬侯官縣修仁鄉海平里、靈鳳里、綏平里、遷蝗里，五芝鄉閩光里，三秀里，清政里、吉壤里，西孝悌鄉惠化里，揚名里。元明屬三都、四都、五都、六都、七都、九都、十二都。清屬三都、四都、五都、六都、七都、九都、十一都。清末為南嶼區。民國29年分為鏡堯鄉、窗龍鄉、兩嶼鎮、芝峰鄉、浦口鄉，均屬第三區。民國34年為南嶼鄉，民國37年為南嶼鎮屬南嶼區。1949年9月后屬林森縣第五區，1956年南嶼區，1958年5月為南嶼鎮，9月改稱南嶼人民公社。1962年10月恢復區建制，1964年9月撤區并社，仍為南嶼人民公社。1984年7月撤公社，設立南嶼鎮。.