閩侯縣前身是西漢高帝五年（公元前202年）起的閩越國之東冶，東漢建安元年（公元196年）始建侯官縣，為閩地五縣之一。

公元282年，侯官析置原豐、溫麻縣。

南朝梁天監間，侯官與原豐合并為東侯官。

公元592年，東侯官改名閩縣。

公元623年，閩縣析置侯官、長溪、新寧（長樂）、溫麻（連江）縣。

公元631年，侯官并入閩縣。

公元702年，復置侯官縣。

公元766年，劃侯官西部地置永泰縣，后劃北部地置梅溪場（后為閩清縣）。

公元981年，閩縣析置懷安縣，侯官、閩縣、懷安三縣齊屬福州。

1580年，懷安并入侯官縣。

明清兩代閩縣和侯官縣同屬福州府，縣城設于福州。

1912年，原閩縣和侯官縣裁撤，合并為“閩侯府”。

1913年，閩、侯官兩縣合并為閩侯縣。

1913年閩縣、侯官縣并為閩侯縣，屬東路道（閩海道）。

1942年，析縣治部分區域設福州市政籌備處，從此縣市分治。

1944年，因國民政府主席林森是本縣尚干鳳港人，故閩侯縣改名為林森縣。

1950年復名閩侯，屬閩侯專區。

1953年縣府移址螺洲。

1956年直屬省轄，1958年劃歸福州市。

1959年復屬閩侯專區。

1970年專區改地區，1971年閩侯地區改為莆田地區，縣隨劃莆田地區。

1970年縣府遷甘蔗，1973年后歸屬福州市。