始建于唐朝時期。

明清兩朝屬歸化縣歸上里六都，1941年為道南鄉胡東保肖家山村，1950年為第一區胡坊鄉，1954年為胡坊區肖家山鄉，1956年明溪和三元縣合并為三明縣，1958年屬三明縣上游人民人民公社，1959年屬胡坊公社，1964年恢復明溪縣胡坊公社肖家山大隊，1982年為胡坊區肖家山人民政府，1987年屬胡坊鄉。

1995年胡坊撤鄉建鎮后，稱胡坊鎮肖家山村村委會，名稱沿用至今。

2012年被住建部、文化部、財政部聯合列入首批“中國傳統村落名錄”，2015年首批“市級歷史文化名村”，2016年為“省級生態村”。