元代稱海嶼，屬閩縣嘉登里，清末屬閩縣東南二區嘉登里。

民國設海嶼保屬瑯岐保甲所管轄。

1950年成立海嶼農民協會，屬閩侯縣第二區管轄，1952年為海嶼鄉，1958年為海嶼大隊，1968年為海嶼革委會，1970年為海嶼大隊屬連江縣瑯岐公社管轄，1976年為海嶼屬福州市郊區瑯岐公社管轄，1984年海嶼分設義湖、旗峰、雁昇、江濱四個村屬福州市郊區瑯岐鎮管轄，1995年屬福州市馬尾區瑯岐鎮管轄，1997年四個村合并為海嶼村屬福州市馬尾區瑯岐鎮。