據上輩老人口述：頂坑村在明末崇禎期間，因戰亂引發社會動蕩而從漳浦縣移居于此；1949年解放后屬莆田縣第八區管轄（稱黨坑鄉），1949年解放后屬8區渡里鄉，1952年屬15區，1954年屬14區，1955年屬黨城鄉，1957年屬黨渡鄉頂坑村，1958年屬常太公社頂坑大隊，1961年屬渡山公社頂坑大隊，1965年屬常太公社頂坑大隊，1984年12月改為常太鄉頂坑村委會。

1992年月10月屬莆田縣常太鎮。

2002年為莆田市城廂區常太鎮頂坑村委會。