巫山縣早在五千年前便為人類所開發，境域屬荊、梁二州之城。

春秋為夔子國地；戰國時，建設巫郡。

秦昭襄王三十年（前277年）廢巫郡，置巫縣，隸屬黔中郡。

西漢時，巫縣屬南郡。

東漢延康元年（220年）隸屬新城郡。

三國吳永安三年（260年）以巫縣為郡治，置建平都，領巫縣、北井等6縣。

西晉泰康元年（280年）增置江陰縣（今大昌公社）；東晉又置南陵縣。

南朝·宋元嘉時省南陵縣入巫縣；北周因避文帝之諱，改泰昌縣為大昌縣，并分建平郡之大昌、北井2縣置永昌郡；天和元年（566年）北井縣入大昌縣，廢永昌郡，建平郡增置江陰縣，廢建德。

隋開皇三年（583年）置建平都，改巫縣為巫山縣；大業年間巫山、大昌2縣屬巴東郡。

唐時，巫山縣、大昌縣隸屬夔州，為山南東道所轄。

北宋端拱元年（988年）大昌縣改屬大寧監；南宋嘉定八年（1215年）移至水口監。

元至元二十年（1283年）大昌縣并入大寧州。

明洪武四年（1371年）復置水口監，后因民少，并入大寧縣；永樂初（1403年）復置大昌縣，改屬夔州府。

清康熙九年（1670年）大昌縣并入巫山縣。

1912年后，巫山縣隸屬四川省東川道，縣下分設東、南、西、北4個鄉區。

1935年廢道，巫山縣屬四川省第九行政督察區，縣下設3區、18鄉（鎮）、242個保、2980個甲。

1949年12月2日巫山解放，屬川東行署萬縣專區所轄，縣以下設1鎮、4區、18鄉（鎮）。

1952年3月，湖北省建始縣的銅鼓鄉劃入巫山縣，全縣分為9個區（序數名），一個鎮，22個鄉（鎮）。

1953年4月，撤銷川東行署，恢復四川省，巫山隸于四川省萬縣專區；全縣22個鄉（鎮）劃為60鄉（鎮）；同年九月，大鄉劃小鄉，又將60個鄉（鎮）劃為140個鄉（鎮）。

1955年2月，原七區（今福田）、八區（今雙龍）并入二區（今大昌），同時改序數區名為中和、大昌、大廟、官渡、河梁、騾坪、官陽7個區；同年，將140個鄉（鎮）合并為62個鄉（鎮）。

1956年4月，全縣調整為53個鄉（鎮）。

1957年2月，又調整為57個鄉（鎮）。

1958年10月，人民公社化，全縣共成立33個人民公社。

1961年4月，從大昌劃出部分區域置雙龍區，同時增劃24個人民公社。

1962年5月，從大昌區析出部分區域增設福田區，又增劃7個人民公社。

1979年4月，恢復區公所名稱，1980年9月，產生了人民公社管委會，縣設置人大常委會，縣革命委員會改為縣人民政府。

1981年6月，對全縣在地區內重名的12個區、社、鎮和縣內重名的128個生產大隊以及巫峽鎮的居委會、街道變更了名稱。

1984年4月，恢復鄉、村建制，將64個人民公社改為64個鄉，其名稱不變。

1985年2月，將大昌鄉改為大昌鎮，廟宇鄉改為廟宇鎮，實行鎮管村。

1987年10月，秀峰區的秀峰鄉撤銷，所管區域合并巫峽鎮，實行鎮管村。

1991年3月，巫山縣轄9區、61鄉、3鎮（巫峽、大昌、廟宇）、565個村民委員會、4614個村民小組、10個居民委員會、73個居民小組。

1992年10月，巫山行政區劃作較大調整，撤銷3個區公所（福田、大昌、大廟）、34個鄉，新建8個鎮（雙龍、福田、龍溪、官陽、騾坪、抱龍、官渡、銅鼓），擴大8個鄉、3個鎮的行政區域，保留6個區公所、19個鄉。

將現有9個區、61個鄉、3個鎮調整為6個區公所、27個鄉、11個鎮，共設38個鄉（鎮）。

1995年9月，巫山縣新建10個鄉，調整后，為6個區、11個鎮、37個鄉、566個村、4614個村民小組、18個居委會、73個居民小組。

2002年12月31日，撤銷巫山縣鄧家鄉和紅椿鄉，設立鄧家土家族鄉和紅椿土家族鄉。

2003年11月，調整為11鎮、30鄉，撤銷洛陽、雪花、大山、鴛鴦、望霞、五龍、何淌7個鄉。

2004年6月至2005年3月，巫山縣的鄉鎮建制由41個鄉鎮調整為26個鄉鎮。

其中，撤銷了15個鄉，調整了8個鎮、4個鄉行政轄區范圍，3個鎮、11個鄉行政轄區范圍和政府駐地不變。

2005年5月，巫山縣轄11個鎮、15個鄉、315個村、2427個社、27個居委會。

2009年8月，廟堂鄉所轄區域整體劃歸平河鄉管轄，調整后的平河鄉面積133.8平方千米，轄6個村，鄉政府駐燕翅膀（原址）；調整后，巫山縣共轄25個鄉鎮，其中14個鄉、11個鎮、308個村、30個居委會。

2011年7月，撤銷龍井鄉，調整巫峽鎮范圍，設立高唐街道和龍門街道。

巫山縣共轄26個鄉鎮（街道），其中11個鎮、13個鄉、2個街道。

一直沿用至今。