民國三十七年（1948年），小南海鎮境域屬團石、蓮塘、澤隨、詹家4個鄉。

1950年2月，屬團石、箬塘、后周、詹家4個鄉。

1956年2月，屬團石、雅周2個鄉。

1958年9月，屬團石、箬塘、雅塘3個大隊。

1960年2月，改屬塔石、箬塘、雅塘3個管理區。

1961年7月，屬團石、箬塘、虎頭山3個公社。

1983年7月，屬龍游、塔石、團石3個區。

1984年1月，分屬團石、箬塘、虎頭山3個鄉。

1992年5月，團石、箬塘、虎頭山3個鄉合并設立小南海鎮。