明嘉靖四十四年（1565年），蔡伯貫組織白蓮教在萬古場起兵，定都萬古場。

清前期，屬福元里。

清宣統元年（1909年），重置萬古鎮（置萬古場），析置大堡鄉、雍溪鄉。

民國元年（1912年），萬古鎮析置協和鄉、興隆鄉。

民國十九年（1930年），為第三區。

民國二十四年（1935年），為聯保區，設萬古為第三聯保區。

民國三十一年（1942年），改萬古為第二區。

1949年，改萬古為第六區。

1950年，萬古鎮屬第六區（治萬古鎮）。

1952年，劃出回龍仍設第六區。

1953年2月，改為萬古鎮。

1956年9月，萬古鎮改為萬古鄉，中心鄉并入，次年以街村為鎮。

1993年12月，撤萬古鄉設萬古鎮，高峰鄉、新石鄉、石牛鄉并入萬古鎮。