古屬巴國地域。

周慎靚王五年（前316），秦惠王舉兵滅了巴蜀，將原巴國改建為巴郡，并筑江州城為郡治。

當時本區屬于巴郡江州縣轄地。

南北朝時期改江州為墊江縣，北周武成三年（516），又改為巴縣。

1929年2月15日，重慶建市，市政府在玄壇廟設南岸市政管理處。

1935年2月，增設重慶市第十五區。

1944年7月，從第十一區劃出部分轄區增設重慶市第十八區。

1950年開始民主建政。

6月，第十一、十二、十五、十八區并建為重慶市第五、第六區。

1952年10月，第五、六區合并，成立重慶市第五區，區政府駐彈子石涼水井。

1955年10月，重慶市第五區更名為重慶市南岸區。

1958年9月，全區6個鄉合并建立政社合一的涂山人民公社。

1961年10月，撤銷涂山人民公社，將下屬6個管理區改建為6個政社合一的人民公社。

1962年7月，全區5個城區人民公社和2個鎮改建7個街道，原郭家沱鄉轄區從鑼旗寺廠區分出，建立郭家沱人民公社。

1964年1月，恢復建立大佛段街道。

1966年“文化大革命”開始后，上新街改名大慶街、銅元局街改名紅旗街、彈子石街改名前進街、大佛段街改名新風街、郭家沱街改名東風街。

1973年后，所有街道恢復原名，上新街街道改名龍門浩街道。

1983年5月，全區6個人民公社改建為6個鄉。

1990年，建重慶市經濟技術開發區。

1997年，設重慶直轄市，南岸區隸屬之。

1999年12月，撤銷玄壇廟街道、涂山鎮，合并成立涂山鎮。

2001年8月，大佛段街道并入彈子石街道。

2006年7月，撤銷黃桷埡鎮和南山鎮，合并成立南山街道。

2010年7月，重慶經開區（南部）9.6平方千米交南岸區管理，并繼續保留重慶市經濟技術開發區牌子。