民國時期，屬河北省大興縣。

民國三十七年（1948年），先后屬共產黨領導的河北省平北專署昌順聯合縣九區和北京市第十四區、第九區、第十三區。

1949年8月，大部劃歸河北省昌平縣。

1956年，屬北京市東郊區。

1958年5月，東郊區改名朝陽區；10月，成立和平、朝陽、幸福、紅光4個人民公社。

1959年1月，孫河公社為朝陽區7公社之一，后為生產大隊。

1984年，公社改鄉，孫河鄉為朝陽區二級鄉，仍歸農場系統管理。

1998年，屬朝陽區和平農村辦事處。

1999年，撤銷和平農村辦事處，建立孫河地區（鄉）辦事處。

2004年5月，黃港鄉并入孫河鄉。