建國初期為山斗區芳干村；1953年為黃村鄉芳干村；1958年實行公社制，隸屬東風公社黃村生產大隊；1961年改置為芳干大隊，隸屬黃村公社；1981年黃村公社更名為東洲公社，芳干大隊隸屬東洲公社；1983年4月，公社改鄉，大隊改村，置東洲鄉，改設芳干村；1992年撤區并鄉，芳干村隨東洲鄉并入洪里鄉；2004年鄉鎮區劃調整，芳干村隨洪里鄉并入商山鄉；2008年嶺后村并入芳干村，隸屬商山鄉；2010年3月，商山鄉改鎮建制，芳干村隸屬商山鎮至今。