朱仙莊前身為宿縣三鋪公社，駐三鋪村。

1982年撤銷三鋪公社，成立三鋪區，隸屬宿縣。

1984年6月，撤銷三鋪區成立朱仙莊建制鎮，鎮址遷到朱仙莊村，行政轄區不變，轄朱仙莊、鎮東、三鋪3個街道和二郎、后場、新河、二鋪4個鄉。

1992年2月，撤掉4鄉3街道，直管40個行政村。

1992年12月，宿縣、宿州市（縣級）合并成立宿州市（縣級），朱仙莊鎮隸屬宿州市。

1998年12月，撤地建市，撤銷縣級宿州市，設埇橋區，朱仙莊鎮隸屬埇橋區。