春秋戰國時期境為棠邑。

兩晉時期屬頓丘縣。

陳太建七年（575），移盱眙的北譙州于新昌城，始稱南譙州。

隋代為新昌縣，后改為清流縣，為滁州治。

明洪武二十二年（1389），為滁州直隸州。

1912年，實行省管縣，廢滁州為滁縣。

1914年6月，屬安慶道，10月屬淮泗道。

1928年8月，廢道，直屬安徽省。

1943年2月，全椒縣部分區鄉劃入，改為滁全縣，11月復為滁縣。

1945年8月，復置滁全縣。

1949年，滁城解放。

1949年，中華人民共和國成立之后，滁縣屬皖北人民行署滁縣行政區。

1952年4月，屬安徽省滁縣專區。

1956年1月，撤銷滁縣專區，改屬安徽省蚌埠專區。

1961年3月，復屬滁縣專區。

1973年3月，屬安徽省滁縣地區。

1982年11月，國務院批準撤銷滁縣，以原滁縣行政區域改設滁州市（縣級），區域屬滁州市。

1982年2月，正式建立縣級滁州市，隸屬安徽省滁縣地區。

1992年12月20日，撤原滁州市，設南譙區。