夏，為禹貢豫州之域。

商，為湯都，稱北冡。

西周稱漆邑。

公元前595年歸楚，稱楚北地漆園；秦，屬碭郡；漢初，分西北境為梁國蒙縣，東南境為沛郡山桑縣。

三國時，屬魏譙郡山桑縣。

東晉僑置蒙縣，仍屬譙郡；南北朝時，屬宋山桑縣。

南齊仍為山桑縣；北魏皇興元年（467），廢山桑縣建置渦州，在漆園故城建置渦陽縣；梁大通二年（528），梁改置渦州為西徐州，后置北新安郡；東魏武定八年（550），置南譙州，并山桑、蒙縣為蒙郡。

北齊復稱蒙縣；隋開皇十六年（595），稱淝水縣；大業七年（611），改淝水縣為山桑縣；唐天寶元年（742），正式定名為蒙城縣。

此后，雖歸屬屢有變更，但縣名一直沿用未變；五代時，為河南道亳州蒙城縣；宋代，先后屬安豐軍、亳州、壽州；元代，屬總管府安豐路。

明代，屬南直隸鳳陽府；清代，先后屬亳州、潁州；1912年，屬安徽省壽州。

1914年6月，屬安徽省淮四道。

1928年3月，直屬安徽省。

1942年10月，屬安徽省第六（泗縣）行政督察區。

1938年6月，屬安徽省第三（阜陽）行政督察區。

1944年12月，蒙城縣北境歸宿蒙縣，屬淮北路西第二行署。

1945年12月，宿蒙縣屬華中區第八行署。

1947年6月，宿蒙縣屬豫皖蘇區第三行署。

11月，縣南境歸蒙城縣，屬豫皖蘇區第六行署。

1949年3月，裁撤宿蒙、宿懷、蒙城（渦河南）、渦陽4個邊區縣，設蒙城縣，原蒙城轄區恢復，屬豫皖蘇區第六行署。

4月12日，屬皖北行署阜陽專區。

1952年4月12日，屬安徽省阜陽專區。

1971年3月29日，屬安徽省阜陽地區。

1996年，撤銷阜陽地區和縣級阜陽市，設立地級阜陽市，屬安徽省阜陽市。

2000年6月，撤銷縣級亳州市，設立地級亳州市。

蒙城縣劃歸亳州市管轄。