1949年廢除保甲制，為自然村莊；1952年為耿巷、柏林院兩農業初級合作社；1958改為耿巷、柏林院兩大隊，屬朱灣公社；1965年隨朱灣公社劃屬耿巷公社；次年屬太陽升公社；1971復屬耿巷公社，同年建農科大隊；1981年農科大隊更名耿巷農科大隊；1984年公社改鄉，大隊改村，改置耿巷鄉，置耿巷、柏林、耿巷農科三村；1992年2月撤區并鄉，三村隨耿巷鄉并入吳圩鎮；次年復屬耿巷鄉；2001年12月三村再次隨耿巷鄉并入吳圩鎮；2007年村級區劃調整，耿巷、柏林院與耿巷農科三村合并成立新的耿巷村，隸屬不變。