夏末商初，商王湯于境內建都，稱亳。

周初，境內始稱焦，周武王封神農氏后裔于焦，置焦國。

周景王十七年（前528）楚平王筑譙城改焦為譙，境內始稱譙。

秦王政二十四年（前223）秦滅楚，在當地置譙縣，隸泗水郡。

西漢至東漢，名稱未變。

東漢建武十八年（42），豫州刺史治于譙縣。

建安末年置譙郡，治于譙縣。

魏黃初二年(221）改譙為都。

晉稱譙國，都譙縣。

東晉咸康四年(338）晉于譙縣僑置陳留郡小黃縣，自此譙縣又稱小黃縣。

北魏正始四年(507），置南兗州，治小黃縣。

北周大象元年(579），因當地古為商湯都城，改南兗州為亳州。

隋大業三年（607），改小黃縣為譙縣，一直沿用至元朝。

明，洪武初，廢譙縣，城父縣，并入亳州。

洪武六年（1373），改亳州為亳縣，隸鳳陽府潁州。

弘治九年(1496），改亳縣為亳州，隸鳳陽府。

清代，當地一直稱亳州。

1912年，亳州改為亳縣。

新中國成立后，稱亳縣。

1986年3月國務院批準撤銷亳縣，建立亳州市（縣級）。

1996年經國務院批準為省直管市。

1998年收歸省直轄。

2000年6月組建地級亳州市，原亳州市整建制轉化為譙城區。

2006年譙城區鄉鎮區劃調整，區劃調整后的譙城區轄3個街道、20個鎮、2個鄉。

地名沿用至今。